1、微生物菌剂施用时间一般为清晨或者阴天。微生物菌剂中的芽孢杆菌不能在阳光下直射，会使其繁殖、代谢等活动受到影响，甚至会是去活性，一定要避免在炎热高温的天气使用。

2、微生物菌剂对土壤条件要求比较严格，像土壤水分含量、有机质含量、以及pH值的大小都会影响其作用的发挥。一般菌适宜生存在含水量60%-70%的土壤中，所以施用后应立即浇透水，菌肥和有机肥混合施用，可以显著提高土壤中有机质的含量。

3、微生物菌剂不应该长期放置，应该随用随买；使用前应该存放阴凉干燥、通风处，避免受热、受潮以及阳光直射；肥料开口后应一次用完，否则会导致其他菌进入，污染肥料中的菌。

4、微生物菌剂不要与能够杀死有益菌的物质一同使用，菌剂因为里边含有大量的有益活菌，所以严禁与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用。因为这些农药或者肥料中的物质会很容易造成菌的失活，导致其失去效果。如果要施用的话，应至少间隔48小时后再用。